Marmaris Arkeoloji Müzesi tarihi bir mekanda, Marmaris Kalesi’nde hizmet veriyor. Herodot, Marmaris’te ilk surların, M.Ö 3000’de yapıldığını yazıyor. 0 dönemde bir Karya kenti olan Physkos (Marmaris), bugün olduğu gibi Ege Denizi ve Akdeniz arasında bir geçiş noktasıymış. Kentin limanı, Rodos ve Mısır’a açılan ticaret yollarıyla çağlar boyunca Önemini korumuş.mM-Ö. 334 yılında, Marmaris’i feth eden Büyük İskender’in stratejik öneminden ötürü kaleyi onarttığı biliniyor.

Kalenin önemli bir kısmı, Birinci Dünya Savaşı sırasında, bir Fransız savaş gemisinin top atışları ile yıkılmış. Yakın zamana kadar içi Marmarislıler tarafından ıskan edilen kalede, 18 konut, bir çeşme ve bir sarnıcın bulunduğu biliniyor. Toplam yedi kapalı mekanı bulunuyor. Beşik tonozla örtülü olan kapalı mekanlardan ikisi arkeoloji salonu olarak düzenlenmiş. Bu salonlarda ve bahçede bölgeden toplanan taş eserler, Helenistik, Roma ve Bizans çağlarına ait amforalar ile Knidos.

Burgaz, Hisarönü kazılarında açığa çıkanları pişmiş topraktan yapılmış kandiller, şişeler, çeşitli kaplar, cam eserler, ok uçları, sikkeler ve süs eşyaları sergileniyor. Etnografya salonunda ise, Osmanlı Dönemi sonuna tarihlenen günlük yaşamla ilgili dokuma, halı, kilim, mobilya, bakır mutfak eşyaları, silahlar ve süs eşyaları sergilenmekte. Diğer mekanlar sanat galerisi, büro ve depo olarak kullanılıyor. Marmaris Kalesi, 1980-1990 yıllan arasında restore edilip 1991 yılında Marmaris Müzesi olarak hizmete açıldı.