Göynücek ilçesi, Türkiye’de sadece illere özel bir konumda yer alarak, dört ilin tam merkezinde bulunmaktadır. İlçe Çekerek Irmağı Vadisi’nde ve Amasya ilinin güneybatısında yer almakta olup doğuda Tokat’ın Zile ilçesi, batıda Çorum’un Ortaköy ilçesi, kuzeyde Amasya merkezi, güneyde ise Yozgat’ın Aydıncık ilçesiyle komşudur. Göynücek ilçesinin yüzölçümü 578 km² olup, rakımı 450 ile 1100 m arasında değişmektedir.
Doğuda Tokat’ın Zile ilçesi, ilçeye 38 km, batıda Çorum’un Ortaköy ilçesi, ilçeye 30 km, kuzeyde Amasya merkezi 45 km, güneyde Yozgat’ın Aydıncık ilçesi ise ilçeye 54 km mesafededir.
Amasya merkezden, sabah ve akşam her 30 dakikada bir hareket eden S.S. Göynücek 25 No’lu Minibüsçüler ve Taşıyıcılar Kooperatifi’ne ait minibüslerle ulaşım sağlayabilirsiniz.
Yazlar sıcak ve kuru, kışlar ise ılımlı ve yağışlıdır; kışlar çok sert değildir. İlçe, bozkır ve fundalık alanlarla örtülüdür. Yer yer sulak alanlar, ormanlar ve ağaçlık bölgeler bulunmaktadır. Yerkürenin yapısı engebeli ve dağlık durumdadır. İlçenin batısında Karadağ, güneyinde ve doğusunda Tekke dağı yer almaktadır. Çorum ırmağı ve Yeşilırmak’ın kolu olan Çekerek ırmağı en önemli akarsularıdır.
Göynücek İlçesi 38 köy barındırmaktadır, ilçe merkezinde ise Cumhuriyet, Merkez ve Yeni Mahalle adında üç mahalle yer almaktadır.