Malkara, Tekirdağ iline 56 km mesafede olup kuzey batısında Uzunköprü, kuzey doğusunda Süleymanpaşa ve Hayrabolu, güney doğusunda Şarköy, güneyinde Gelibolu ve batısında Keşan yer almaktadır. 1.149 km²’lik alanıyla Tekirdağ ilinin en geniş yüzölçümüne sahip ilçesidir. İlçede yüksek dağlar ve vadiler bulunmamaktadır. Genellikle arazileri, aşınmış, tepelerden yarı düz alan gibi bir plato görünümündedir. Tekirdağ ilinin en mühim dağı olan Tekir Dağları, Malkara’ya 25 km uzaklıktadır. Bu dağlar, ilçenin güney kısmında, Tekirdağ – Gelibolu yönünde sıralanmışlardır. İlçenin sınırları Çimendere köyü civarında sona erer. Ganos dağı, Tekir sıradağlarının en belirgin yükseltisidir.
Malkara’nın arazi yapısı nedeniyle büyük nehirleri bulunmamaktadır. Barajlara ve göletlere kaynak sağlayan dereler mevcuttur. İlçede öne çıkan ovalar; Evrenbey, Kırıkali, Hacısungur, Gözsüz, Karacahalil, Kalaycı ve Sağlamtaş ovalarıdır. Bu ovalar fazla geniş olmasalar da, ilçenin önemli düz alanlarıdır. İlçede, Kadıköy ve Karaiğdemir barajları en büyük yapay göllerdir. Bununla birlikte sulama amacıyla: Yaylagöne, Vakıfidemir, Yenidibek (Pişman), Doluköy, Küçükhıdır, Karacagür ve Sırtbey barajları inşa edilmiştir.
Bu barajlar ve göletler sayesinde ilçenin sulanabilir arazi alanı 28.360 dekara çıkmıştır. İlçenin arazilerinin büyük bir kısmı tarıma uygun alanlardır. İlçenin orman kaplaması, genellikle güney ve güneybatıda bulunan Sağlamtaş Kasabası ile Gelibolu ve Keşan sınırları arasında bulunmaktadır. Bu bölge yaklaşık olarak 232.380 dekar büyüklüğündedir. İlçe; kara iklimi özellikleri taşımakta olup, kış mevsimleri soğuk ve yağışlı olmaktadır. Yaz ayları da genellikle sıcak ve kuru geçer. Yıllık yağış miktarı ortalama 500 milimetredir.